Nach dem Tod Bismarcks entstanden überall im Reich Erinnerungsmale in Würdigung der Verdienste des Altreichskanzlers bei der Gründung des Deutschen Reiches. Allein in Thüringen finden sich 27 derartige Gedenktürme.
Der Turm in Jena wurde auf Initiative Jenaer Studenten errichtet, um an besonderen Gedenktagen für den „Eisernen Kanzler“ Freudenfeuer entzünden zu können.
Die Studenten fanden Unterstützung bei dem Zoologieprofessor Ernst Haeckel und dem Verleger Gustav Neuenhahn durch Spenden.
Der Bismarckturm ersetzte eine Turmruine an gleicher Stelle, genannt „Malakoff“. In der DDR-Zeit hatte er die Bezeichnung „Turm der Jugend“.
Bismarck war am 30. und 31. Juli 1892 in Jena und hielt eine Rede auf dem Markt. An dieser Stelle steht heute der Bismarckbrunnen, der in Erinnerung an den Besuch 1894 nach Plänen von Adolf Donndorf entstand.
Bis 1995 befand sich im Innern ein Hochwasserbehälter zur Trinkwasserversorgung auf dem Stern.
Nutzung von Betriebsfunksendern durch die Stadtwerke Jena (bis 2001), JES Verkehrsgesellschaft (bis 2002), HLS-Haustechnik (bis 2000)
temporäre Nutzung eines Reflektors zur Entfernungsmessung durch die ZSP Geodätische Systeme Jena GmbH sowie eines Windmessers durch den Drachen- und Gleitschirmfliegerclub Jena e.V.
bis 1999 kleinere Reparaturen, meist infolge von Vandalismus
1999–2001 Gesamtsanierung in 3 Bauabschnitten (Plattformabdichtung, Einbau Entwässerung, Kuppelsanierung) unter finanzieller Beteiligung der drei Nutzer von Betriebsfunksendern
2012 komplette Erneuerung der Elektrik
eine umfassende äußere und innere Instandsetzung steht noch aus