Strategischer Kopf des städtischen Eigenbetriebes ist die Werkleitung. Die Kaufmännische Abteilung mit den Teilbereichen Buchhaltung/Controlling und Personal/Organisation managt alle finanziellen und personellen Angelegenheiten des Eigenbetriebes. Die zentrale Marketingabteilung verantwortet die Vermarktung des Eigenbetriebes in seiner Gesamtheit sowie das Tourismusmarketing und den Vertrieb aller JenaKultur-Produkte. Veranstaltungen und Festivals, wie beispielsweise die KulturArena Jena, die Jenaer Märkte und Stadtfeste oder die zahlreichen Veranstaltungen in den von JenaKultur betriebenen Veranstaltungshäusern (Volkshaus Jena, Volksbad Jena, Villa Rosenthal, Rathausdiele, Stadtteilzentrum LISA) sind im Veranstaltungsmanagement konzentriert.
Zu JenaKultur gehören: